Desde su juventud tiene un carácter pacífico, e incluso es parte de una comunidad hippie; además, siempre busca seguir dietas saludables. Sobre su educación, ingresa a la Universidad de Texas y estudia la carrera de Filosofía y Religión. De igual forma, sigue estudios en la Trinity University.
Cuando tiene 25 años de edad y sigue estudiando, se ve en la necesidad de trabajar para cubrir sus gastos. Entonces, deja de estudiar y funda su primera tienda de artículos vegetarianos a la que llama “Safer way”. Dicho primer local lo establece en la cochera de su casa, en Austin, Texas.
Este comercio es el primero vegetariano en todo Texas; y su objetivo, más allá de las ganancias, es ofrecer a las personas un modo de vida saludable.
Pero esto no lo hace solo, ya que tiene el apoyo de René Lawson, con quien tiene una relación amorosa. Entre los dos piden préstamos a sus familias hasta reunir 45000 dólares y con ello abren la tienda.
Sin embargo, en ese periodo inicial la pareja tiene varias deudas y son desalojados del apartamento en donde residen. Debido a esta situación, deben vivir en la misma tienda; ahí, una de las dificultades que enfrentan es no tener ducha, por lo que utilizan una manguera para bañarse.
Se destaca en su biografía que entonces, el 20 de septiembre de 1980 crean una tienda nueva denominada Whole Food Market. En ese tiempo cuenta solamente con 19 empleados; y como pocos comercios ofrecen productos naturales en todo Estados Unidos, se convierte en un éxito.
Mackey muestra gran pasión por su trabajo, lo cual le lleva a obtener buenos resultados. Se enfoca en la calidad de los productos y con los años el negocio crece rápidamente.
Por otra parte, en 1981 sucede una inundación que provoca grandes daños en Austin y que afecta a su empresa. Su sorpresa surge cuando los clientes y vecinos le ayudan de forma voluntaria en las reparaciones, y los empleados laboran el día entero sin cobrar, consiguiendo abrir nuevamente en solo 28 días.
En 2003 es reconocido con el galardón Ernst and Young Entrepreneur; y pasados cinco años, anuncia a sus empleados que se compromete a cobrar solo 1 dólar al año y a crear un fondo de emergencias para ellos.
Para el 2011, la cadena reporta que sus ingresos ascienden a más de 10 millones de dólares. En el tema personal, él es conocido por tener una forma de vida muy sana; y su esposa es Deborah Morin.
